Bocskai István végrendeletében – az erdélyi rendekkel történt előzetes egyeztetés nélkül – Rákóczi Zsigmond 1605-ben meghalt Erzsébet nevű lányának férjét, Homonnai Drugeth Bálintot jelölte ki utódjául és megszerezte számára a török megerősítést is. Az erdélyi rendek azonban élni akartak a libera electio, azaz a szabad fejedelemválasztás jogával és az 1607. február 8-ra Kolozsvárra összehívott országgyűlés február 12-én Rákóczi Zsigmondot, Bocskai gubernátorát választotta Erdély fejedelmévé. Zsigmond Bocskai végrendelete alapján Homonnai Drugeth Bálintot ajánlotta és saját egészségügyi állapotára hivatkozva – ekkor már hordszéken vitték – megpróbált kitérni a fejedelmi cím elől, azonban ez nem sikerült. Egy korabeli leírás megörökíti, hogy „a fővebb, öregebb, tekintetesebb is lévén az úri és nemesi rend között (…) meggyőzettetvén minden rendek, egy suffragiumból választották fejedelemül a gubernátort, Rákóczi Zsigmondot”. A rendek addig nem tágítottak, amíg el nem mondta fejedelmi esküjét.
„A rendeletek és törvénycikkelyek tartása szerint igaz törvényt szolgáltatok… senkit személyében, sem jószágaiban, sem marhájában meg nem bántok, sem mással nem bántatok, másnak sem engedek bántani, és semmi újítást ez országnak régi és jó szokása ellen és szabadsága ellen bé nem hozok, sőt mindeneket, valamit a szegény hazának és minden benne való minden rendnek közönséges javára és hasznára és törvény szerént való szabadságára mívelhetek, az én erőm szerént azon lészek, az míg az Úristen ő kegyelmek között tart. Isten engem úgy segéljen.”
(Részlet Rákóczi Zsigmond erdélyi fejedelmi esküjéből)
Rákóczi Zsigmond 1608. március 5-én lemondott tisztségéről, azonban rövid fejedelemsége ellenére a Rákóczi családot Erdély fejedelmi dinasztiájává tette.
